infistream

Menginstal OpenFOAM pada cluster HPC

INFO
Hubungi administrator sistem klaster HPC untuk memastikan Anda membangun OpenFOAM dengan benar.

Dalam bagian ini, beberapa topik dipertimbangkan ketika mencoba menginstal OpenFOAM di sebuah klaster HPC. Lanjutannya diasumsikan bahwa pembaca memiliki beberapa pengalaman dalam menjalankan kompilator dan mengatur konfigurasinya serta menggunakan variabel lingkungan sistem Linux. Ini termasuk menghubungkan folder include dan biner pustaka ke dalam proses kompilasi.
HPC for CFD
Disarankan untuk menggunakan perpustakaan MPI yang tersedia di klaster HPC, karena mereka dibangun dengan cermat oleh administrator klaster untuk memaksimalkan kinerja pada mesin tertentu tersebut. Jika mengompilasi terhadap perpustakaan OpenMPI yang disertakan dalam folder ThirdParty yang disertakan dengan OpenFOAM, solver mungkin masih dapat berfungsi tetapi tanpa optimisasi paralel yang signifikan dan dukungan antarmuka.
hpc for cfd
Seperti halnya dengan compiler, wmake perlu dikonfigurasi untuk dibangun melawan implementasi MPI yang didukung yang khusus untuk sistem HPC. Hal ini dilakukan dalam file bashrc yang sama seperti pemilihan compiler (lihat listing 3). Bergantung pada implementasi yang dipilih, OpenFOAM menetapkan lokasi target yang berbeda untuk MPI_ARCH_PATH dan MPI_HOME, yang dimaksudkan untuk menjadi lokasi pada sistem file klaster di mana eksekutor mpi, perpustakaan, dan berkas header ini ada. Salah satu masalah yang paling umum dengan instalasi HPC adalah bahwa direktori ini tidak diatur dengan benar dan perpustakaan Pstream tidak dikompilasi dengan benar karena kurangnya perpustakaan dan header MPI.
hpc for cfd
hpc for cfd
Jika lokasi folder hpmpi tidak tepat /opt/hpmpi, MPI_HOME tidak akan diatur dengan benar dan kesalahan akan menyebar ke seluruh skrip dan pada akhirnya mengganggu kompilasi. Untungnya, mengatur variabel ini secara manual cukup mudah, asalkan lokasi implementasi MPI target di pohon direktori sistem diketahui.

Dalam file konfigurasi untuk kompilasi dengan OpenMPI, variabel ini digunakan untuk menetapkan jalur ke lokasi header dan biner. Jika sebuah instalasi diatur dengan kode SSMPI fiktif, file konfigurasi baru akan dibuat, mengikuti konvensi penamaan ini dan diisi dengan jalur file yang sesuai. Pada akhirnya, semua pengaturan ini bertujuan untuk memastikan bahwa perpustakaan Pstream dikompilasi dengan benar dan dihubungkan ke implementasi MPI lokal. Opsi kompilasi Pstream, yang disimpan di $WM_PROJECT_DIR/src/Pstream/mpi/Make/options, berisi PFLAGS, PINC, dan PLIBS yang disalurkan langsung ke bendera kompiler melalui -I dan -L. Ini akan digunakan pada saat kompilasi untuk penautan header dan pustaka. Di luar berinteraksi dengan perpustakaan MPI, OpenFOAM sebagian besar mandiri dan hanya memiliki sedikit dependensi perpustakaan eksternal lainnya. Sayangnya, sejumlah masalah dan kesalahan bisa terjadi selama proses kompilasi pada sistem apa pun.
Open chat
Infichat
Hello 👋
Thank you for text me
Can we help you?