Menjaga struktur direktori yang seragam juga merupakan cara yang mendasar untuk secara tidak langsung mendokumentasikan kode. Untuk menguji organisasi direktori contohnya, pertimbangkan repositori kode contoh untuk buku dan bagaimana itu diorganisir.

Seperti yang ditunjukkan pada gambar 6.1, direktori aplikasi adalah tempat di mana aplikasi disimpan. Di dalam direktori aplikasi, mengikuti struktur OpenFOAM, terdapat subdirektori berikut: solvers, test, dan utilities. Direktori etc digunakan untuk mengkonfigurasi kompilasi kode. Organisasi folder src berbeda untuk setiap pustaka. Karena kelas-kelas mengekstrak dan mengenkapsulasi perilaku umum antara abstraksi yang berbeda, begitu pula organisasi kode berlapis memisahkan implementasi kelas yang berbeda menjadi pustaka-pustaka yang dapat dihubungkan secara terpisah. Mengorganisir dan memisahkan kategori pustaka mengurangi ukuran kode aplikasi yang dikompilasi saat perubahan diperkenalkan, dan oleh karena itu mempercepat kompilasi.

File README yang biasanya ditemukan di direktori teratas dari repositori kode berguna karena itu adalah file pertama yang dibaca ketika pengguna mulai bekerja dengan kode baru. Deskripsi umum latar belakang proyek dan aplikasi terpentingnya, serta tautan terbaru ke sumber dokumentasi eksternal dan forum, biasanya dapat ditemukan di sana. Dokumentasi lokal kode dapat dihasilkan menggunakan Doxygen sistem dokumentasi, yang menggunakan file doxyfile untuk menentukan file serta detail yang terlibat dalam tampilan dan nuansa dari dokumentasi HTML yang dihasilkan.